Non si ha una data precisa della nascita di Perdasdefogu. Il documento più antico che riporta il suo nome risale al 1328, anno in cui venivano certificati i contribuenti del paese. Il territorio del paese è molto ricco di insediamenti prenuragici e nuragici, principali sono le domus de janas con annessa fontana nuragica. Secondo il Lamarmora il toponimo Perdasdefogu fu attribuito per la presenza di strati di selce affiorante di formazione carbonifera; secondo Vittorio Angius, Foghesu, nome sardo del paese, fu fondato dagli scampati in fuga da un villaggio di nome Turu, che sorgeva nei pressi di un canale detto Fogi, incendiato dai barbari. Si può senza dubbio affermare che il territorio di Perdasdefogu fu abitato fin dal periodo prenuragico, come testimoniano le Domus de Janas presenti nel territorio; i numerosi nuraghi, che tuttora si ergono nella zona, attestano inoltre la presenza umana nel territorio anche nel periodo successivo.
La storia recente di Perdasdefogu è pressoché comune a quella degli altri paesi dell’Ogliastra; dopo aver fatto parte dell’Impero bizantino, in seguito alla sua decadenza, la Sardegna si diede una propria struttura amministrativa con l’istituzione di quattro giudicati: il giudicato di Torres, di Gallura, di arborea e di Cagliari; parte dell’Ogliastra, compreso Perdasdefogu con il Quirra e il Sarrabus furono aggregati al giudicato di Cagliari e ne fecero parte fino alla sua scomparsa ad opera dei Pisani che ne esercitarono il dominio fino all’avvento dei nuovi conquistatori, gli aragonesi. L’Ogliastra e il Quirra divennero un feudo aragonese con a capo Berengario Carroz. Agli aragonesi seguirono gli spagnoli, gli austriaci e infine i piemontesi; nel 1807 Re Vittorio Emanuele I riformò la pubblica amministrazione istituendo nell’isola 15 province e Perdasdefogu, con gli altri paesi dell’Ogliastra fece parte della provincia di Tortolì; nel 1821 Carlo Felice ridusse le prefetture a 10 e Tortoli perse il suo primato a favore di Lanusei; nel 1901, a seguito della divisione della Sardegna in due sole province, Perdasdefogu fu aggregata a quella di Cagliari e ne fece parte fino al 1927, quando fu istituita la provincia di Nuoro.