Il toponimo di Elini potrebbe derivare dal personale latino Aelinus. Secondo il canonico Flavio Cocco l'origine di questo piccolo borgo sarebbe legata all'odierno Parco del Carmine, dove nell'antichità si sarebbe insediato un presidio militare romano. La stessa venerazione da parte degli Elinesi ad un santo guerriero, San Gavino, sarebbe indice di questa origine militare del luogo: sono, comunque, tutte congetture di cui si deve ancora provare la storicità. Di certo sappiamo che nel Medioevo il paese faceva parte della curatoria dell'Ogliastra nel Giudicato di Cagliari. I primi documenti storici, risalenti al 1316, ci parlano di un paese chiamato Gelui de Montibus de Barbagia, che insieme a Ilbono doveva versare delle imposte al comune di Pisa. Nel 1324 Elini rientra sotto il dominio spagnolo, per essere poi dato come feudo a Berengario Carroz, ed accorpata al Giudicato di Quirra. L’accorpamento con Ilbono era dovuto probabilmente a due ragioni principali. La prima di natura geografica per la loro vicinanza territoriale, la seconda dovuta alla scarsa natalità. Il paese era, però, censito a parte da Ilbono, tranne che nel periodo dal 1881 al 1951 quando Elini faceva comune unico con Ilbono.
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