Si pensa che il nome derivi da greco "Bainos", che significa fornace per metalli o per fare la calce. 
Alcuni ritengono che Baunei sia stato fondato da un capraio che intorno al X secolo ha abbandonato la pianura invasa dalla malaria e minacciata dai saraceni; il nome lo avrebbe assunto in seguito dal castello costruito dai Doria tra il X e l’XI secolo, chiamato appunto Baun. Ancora c’è chi attribuisce a Bau il significato di “guado” al quale fu più tardi aggiunto il suffisso -enei in ricordo di una sosta del leggendario Enea nella foce del Rio Pramaera prima di raggiungere il Lazio. L’ ipotesi più accreditata è quella che vede il paese di Baunei sorgere nell’anno Mille, secondo Flavio Cocco in seguito all’invasione araba di Mugahit al Amiri avvenuta tra il 1015 e 1016. Il nome di Baunei appare per la prima volta nel 1313 nell’elenco delle ville che costituivano la curatoria d’Ogliastra, Quirra, Sarrabus e Colostrai, conservato nell’archivio della corona d’Aragon, col titolo di Rentas de Cerdeña contenente il registro delle imposte richieste da Pisa. Tale documento era scritto in latino e il paese viene registrato in questo modo: «Baunei de Montibus Judicatus Ullastre». Troviamo ancora Baunei nel Ripartimento de Cerdeña del 1358, dove sono elencate le imposte aragonesi dovute non al re, ma ai feudatari ai quali i vari paesi erano stati dati in feudo, subito dopo la conquista aragonese. Da questi documenti risulta che Baunei avesse una debole condizione economica e anagrafica che migliora decisamente dopo l’acquisizione dei territori dei paesi di Osono ed Eltili. Il primo censito nel 1217 è forse già scomparso nel 1316, il secondo censito nel 1504 scompare nell’elenco delle imposte nel 1584. In entrambi i casi, o per faide interne o per faide con i paesi vicini, è probabile che abbiano chiesto protezione a Baunei, finendo per l’esserne assorbiti. Nel XIII secolo Baunei faceva parte del Giudicato d’Ogliastra e poi di quello di Cagliari. Nel 1324 passò agli Aragonesi e nel 1363 venne incorporato nella contea di Quirra, data in feudo a Berengario Carroz, che stabilì a Tortolì la sede del giudicato. La contea nel 1603 divenne Marchesato e passò ai Centelles e poi agli Osorio dai quali fu riscattata solo nel 1839. Nel 1806 Baunei fu compreso nella provincia di Tortolì la cui sede fu trasferita a Lanusei nel 1821. Nel 1857 la provincia fu soppressa e fu costituito il Circondario di Lanusei che rimase fino al 1927, data in cui fu creata la provincia di Nuoro della quale fa parte Baunei. probabilmente il Paese è stato originato dall’abbandono dei villaggi costieri di origine punica e romana tra il IV e il XII secolo, anche a causa delle incursioni barbaresche. Queste popolazioni, che si spinsero fino al culmine dei Tacchi, si unirono alle popolazioni già insediate nell’entroterra organizzandosi in biddas, che ha partire dal XII secolo sono attestate nelle fonti disponibili.